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Modelli per sistemi biologici

Modelli per Sistemi Biologici
Corso di laurea magistrale in Informatica F008
A.A. 2015/16
SCV0213
Docente: Simone Tini

Il corso viene offerto in Inglese


CFU SSD LEZIONI ANNO LINGUA
6 INF/01 48 I o II Inglese


Obiettivi dell’insegnamento e risultati di apprendimento attesi
Dopo aver seguito il corso di Modelli per Sistemi Biologici lo studente conosce le interazioni esistenti tra l’informatica e la biologia. In particolare, lo studente ha chiare quali caratteristiche debbano avere i formalismi idonei a modellare i sistemi biologici, conosce i principali algoritmi di pattern matching, conosce i formalismi informatici che sono stati ispirati dal funzionamento dei sistemi biologici e conosce le basi del DNA Computing.

Prerequisiti
Lo studente che segue questo corso è già in grado di scrivere programmi con linguaggi di programmazione ad alto livello, è in grado di valutare la complessità degli algoritmi, è in grado di elaborare algoritmi efficienti per la soluzione di problemi su strutture dati, conosce le nozioni di classe di complessità P e NP.

Contenuti e programma del corso
Il corso tratta i seguenti argomenti:

  • DNA computing ed applicazioni ai problemi SAT e Commesso Viaggiatore.
  • Pattern matching, algoritmi di Boyer-Moore, Aho-Corasick, Apostolico-Giancarlo, Knuth-Morris-Pratt con particolare riferimento alle stringhe di DNA e di aminoacidi.
  • Metodi formali per la modellazione di sistemi biologici, approccio di Gillespie, Calculus of Looping Sequences.
  • Automi cellulari.
  • Sistemi di Lindenmayer.

Tipologia delle attività didattiche
Il corso consiste in 48 ore di lezione, svolte con l’ausilio di slide che vengono messe a disposizioni degli studenti sul sito e-learning.

Testi e materiale didattico
Il materiale didattico principale del corso è costituito dai lucidi delle lezioni disponibili sul sito e-learning.

Modalità di verifica dell’apprendimento
È previsto un esame finale, con due possibili modalità. Gli studenti possono presentare un approfondimento di uno o più argomenti trattati nel corso delle lezioni. Dalla presentazione dovrà emergere la padronanza da parte dello studente degli argomenti esposti e la capacità di affrontare una discussione approfondita anche su argomenti non necessariamente esposti durante la presentazione stessa. In alternativa è possibile sostenere una prova orale classica su tutti gli argomenti trattati nelle lezioni.

Orario di ricevimento
Lo studente che intende incontrare il docente può farne richiesta in qualsiasi momento, direttamente o tramite posta elettronica. Sarà cura del docente organizzare almeno un incontro settimanale con gli studenti interessati, nel rispetto dei vincoli derivanti dagli orari delle lezioni dell’anno del corso.

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